1.    ایجاد و توسعه نظام جامع مدیریت زیست محیطی ابهای سحطی وزیرزمینی کشور برپایه اصول توسعه پایدار وآمایش سرزمین و نظارت بر اجرای آن
2.    حفاظت وصیانت ازمنابع آب، پیشگیری ازآلودگی آنها وکنترل و کاهش الودگی های ایجاد شده و احیای منابع تخریب شده برگشت پذیر
3.    بررسی آبخوانهای اسیب دیده وآلوده ناشی از عوامل خشکسالی، بهره برداری نامناسب از منابع اب، طرحهای عمرانی، فعالیتهای معدنی ونفتی، تخلیه فاضلاب وسایر منابع آلاینده در راستای کاهش وکنترل عوامل آلاینده ونظارت براجرای برنامه های مدیریتی حفاظت آبخوانها وجبران بیلان منفی وآفت کیفی انها
4.    نظارت بر تدوین واجرای برنامه های ملی توزیع، مصارف، مدیریت منابع آب سطحی وزیرزمینی بمنظورکاهش پیامدهای منفی آن
5.    اصلاح نظام ها وسیستم های نظارتی در بهره برداری ومهار عوامل ناپایداری منابع آب سطحی وزیر زمینی وتلاش برای حفظ وتوسعه آنها
6.    نظرات براجرای صحیح الگوی مصرف منابع آب، افزایش بهره وری ونظارت بر رعایت الگوهای کشت به منظور افزایش راندمان ابیاری
7.    انجام طبقه بندی کیفی منابع آب با توجه به قدرت جذب وتصفیه طبیعی آلاینده ها توسط آنها
8.    همکاری ومشارکت درتدوین برنامه ملی سازگاری با کم آبی واجرای آن به منظور حفاظت ومدیریت زیست محیطی منابع آب
9.    تدوین، بازنگری، ابلاغ قوانین ومقررات،  ایین نامه ها، ضوابط، استانداردها ودستورالعمل های تخصصی ونظارت بر حسن اجرای آن
10.    تهیه وتدوین شاخصهای کیفی منابع آب وخاک وتدوین برنامه های کنترل، نظارت وپایش کیفی آلودگی منابع آب وخاک وانجام نظارت بصورت سیستماتیک در سطح ملی، منطقه ای واستانی
11.    نظارت براجرای برنامه های پایش خطوط و مخازن انتقال وپخش مواد و فرآورده های نفتی، پالایشگاهی، گاز وپتروشیمی درکشوربه منظورجلوگیری ازآلودگی منابع آب وخاک
12.    نظارت براجرای ضوابط زیست محیطی ومقررات مربوط به فعالیتهای معدنی وطراحی وتدوین برنامه های پایش کلیه آلودگیهای ناشی از فعالیتهای معدنی در کشور
13.    نظارت برتدوین واجرای برنامه های ملی تخصیص منابع آب برای کابری های مختلف
14.    برنامه ریزی به منظور بررسی وتعیین میزان خودپالایی رودخانه ها ودریاچه های کشور
15.    تعیین اولویت های پژوهشی مرتبط با حفاظت ومدیریت کیفی منابع آب وخاک
16.    بررسی، شناسایی وارزیابی ریسک درحوزه منابع آب سطحی وزیرزمینی، خاک وتعیین استراتژی به منظور مدیریت ریسک شامل تحلیل وکنترل وارائه راهکاری کاهش ریسک
17.    تدوین خط مشی ها ی مدیریت، حفاظت وبهره برداری پایدارخاک در خصوص پایش، پیشگیری، کنترل واحیاءخاک درراستای پیاده سازی قانون حفاظت خاک وسایر قوانین زیست محیطی مربوط درکشور
18.    تهیه وجمع آوری مستندات موردنیاز درخصوص آلودگی آب وخاک وارایه به مراجع حقوقی برای پیگیری واقدام
19.    مدیریت سامانه نظارت زیست محیطی مستمر آلودگی خاک وآب
20.    تهیه اطلاعات به منظور ارائه هشدارهای لازم درارتباط با آلودگی آب وخاک وارائه راه حل های رفع آلودگی ها از طریق اقدامات فرهنگی وقانونی
21.    بررسی روشهای کاهش الودگی آب وخاک ونظارت براجرای برنامه های احیاء وپاکسازی خاکهای آلوده
22.    برنامه ریزی برای جلوگیری از اثرات زیانبارموادشیمیایی خطرناک بر محیط زیست کشور وتعیین اولویت ها در به حداقل رساندن وکنترل مواد شیمیایی پرخطر برای جلوگیری ازاثرات سوء آنها برسلامت ومحیط زیست
23.    برنامه ریزی وانجام اقدامات لازم در خصوص اجرای تعهدات ملی وبین المللی درچارچوب مفاد برنامه ها وکنوانسیون بین المللی مرتبط 
24.    اجرایی نمودن اهداف معاهدات وتفاهم نامه های بین المللی در زمینه مدیریت کیفی منابع آب و خاک
25.    تدوین دستورالعمل های فنی وبومی سازی براساس دستورالعمل های منتشره توسط دبیرخانه کنوانسیون وراهبری وهدایت ادارات تابعه در خصوص برنامه های کنوانسیون ها واقدامات لازم الاجرا در سطح استانها
26.    برنامه ریزی برای مدیریت زیست محیطی مواد شیمیایی نوظهور، نانو مواد و نانو تکنولوژی، سرب وکادمیم وسایر حوزه های کاری برنامه استراتژیک سایکم(SAICM)
27.    بررسی ومحدودیت وممنوعیت تولید، واردات ومصرف مواد شیمیایی خطرناک بر اساس اولویت ها واستفاده از جایگزین های مناسب زیست محیطی قابل دسترس ومناسب با شرایط کشور
28.    بررسی آثار زیست محیطی مصرف سموم، کود شیمیایی وافت کش ها با تاکید تطابق آنها با شرایط اقلیمی مناطق مختلف کشور
29.    برنامه ریزی، هماهنگی ونظارت درزمینه تولید، واردات وتوزیع ومصرف انواع نهاده های کشاورزی (با الویت سموم وکودهای شیمیایی) با در نظر گرفتن ملاحظات زیست محیطی
30.    تدوین سیاستهای لازم، برنامه ریزی برای کنترل ومدیریت ریسک کاربرد انواع سموم وکودها
31.    تدوین برنامه های مدیریتی کنترل وکاهش آلایندگی ومخاطرات زیست محیطی انواع فاضلاب و پساب
32.    تدوین، تهیه، بازنگری وبروز رسانی قوانین، آئین نامه ها، مقررات، استانداردها، ضوابط ودستورالعمل ها و راهنمایی های فنی درخصوص مدیریت زیست محیطی انواع فاضلاب و پساب به منظورپیشگیری، کنترل وکاهش آلودگی ناشی از ان ها
33.    ارائه برنامه جامع مدیریت فاضلاب ها وپساب ها در کشور، نظارت براجرا وبروز رسانی آن به منظور مدیریت جامع ویکپارچه فاضلاب وپساب مشتمل بر تصفیه، تخلیه و دفع اصولی وزیست محیطی
34.    برنامه ریزی و نظارت در خصوص بازچرخانی و استفاده مجدد از پساب های شهری، صنعتی وزهاب های کشاورزی